Die frühen chinesischen Barfußärzte kannten aus praktischer Erfahrung bestimmte Stellen am menschlichen Körper, die immer dann empfindlich reagieren, wenn Krankheit auftritt oder gewisse Lebensfunktionen, körperlicher oder seelischer Art, beeinträchtigt sind. Diese besonderen Stellen am Körper, heute als Akupunkturpunkte bekannt, stimulierten sie mit ihren Händen, lange bevor sie Fischgräten, feine Knochen oder Metallnadeln als Hilfsmittel für die Behandlung zur Verfügung hatten.
Anfang des 20. Jahrhunderts entwickelte der japanische Therapeut Tamai Tempaku eine neue Form der Therapie. Sie hatte ihre Ursprünge in den einfachen, wirkungsvollen Techniken von Anma, einer traditionellen japanischen Massageform. Zum anderen wurde sie geprägt von traditionell östlichem Gedankengut und dem Wissen um ganzheitlich kosmische Zusammenhänge. Weil bei dieser Methode bestimmte Punkte mit Finger, Handballen, Ellbogen und Knie gedrückt werden, nannte man sie Shi-Atsu, was wörtlich übersetzt Finger-Druck heißt.
Shiatsu wurde von den Therapeuten weiterentwickelt. Besonders Tokojiro Namikoshi und Shizuto Masunaga ist es zu verdanken, dass diese Methode als Therapie anerkannt wurde.
Dr. Shizuto Masunaga verband seine Shiatsu-Erfahrung mit seinen Kenntnissen der westlichen Psychologie und traditionellen chinesischen Medizin (TCM). Er integrierte die Makko-Ho Übungen, mit denen durch Dehnung der Meridiane der Energiefluss stimuliert wird. Mit Hilfe von alten Aufzeichnungen, die er fand, entdeckte Masunaga ein erweitertes Meridian-System. Abweichend vom traditionellen Meridian-System der Akupunktur, stellte er fest, dass Meridiane, die dort nur an Armen oder Beinen zu finden sind, entsprechende Verläufe am ganzen Körper haben.
Dessen Schüler, Wataru Ohashi gründete 1974 das Ohashi-Institute New York und begann Shiatsu im Westen zu verbreiten. Schüler von Ohashi, gründeten Schulen in Europa, schlossen sich nach jahrelanger Lehr- und Lerntätigkeit zusammen und gründeten 1989 das ESI (Europäisches Shiatsu-Institut).